In den meisten Fällen kann die gastroduodenale Ulkuskrankheit erfolgreich mit Medikamenten behandelt werden. Eine operative Therapie ist nur bei schweren Komplikationen notwendig. Für die medikamentöse Behandlung stehen Antibiotika (gegen die bakterielle Infektion) und sogenannte Protonenpumpen-Inhibitoren (zur Senkung der Magensäure) zur Verfügung. Bei Patientinnen und Patienten mit einer nachgewiesenen Helicobacter-pylori-Infektion kommen in der Regel beide Therapien gleichzeitig zum Einsatz

• Helicobacter-pylori-Eradikation: Für die komplette Auslöschung (= Eradikation) des Bakteriums im Körper werden zwei verschiedene Antibiotika und die Protonenpumpen-Inhibitoren (PPI) mindestens eine Woche lang eingenommen. Im Anschluss überprüfen wir mit einer erneuten Gastroskopie, ob diese sogenannte Dreifachtherapie erfolgreich war, die Keime also restlos eliminiert sind. Ist das nicht der Fall, setzen wir mit der Vierfachtherapie nach. Bei dieser nehmen die Patientinnen und Patienten bis zu zwei Wochen lang ergänzend zu den bisherigen Medikamenten ein drittes Antibiotikum ein.  
• Absenkung der Säureproduktion: Patientinnen und Patienten ohne Helicobacter werden nicht mit Antibiotika, sondern nur mit Protonenpumpen-Inhibitoren behandelt. Wird eine weniger starke Säurehemmung angestrebt, können wir auch H2-Rezeptor-Antagonisten einsetzen. Nach Möglichkeit sollte die Einnahme von NSAR-Schmerzmitteln zumindest für eine gewisse Zeit unterbrochen werden. Ist eine Einnahme langfristig nicht zu vermeiden, muss die Einnahme von PPI auch nach Abklingen der Beschwerden prophylaktisch fortgesetzt werden.

In seltenen Fällen kann es bei einer gastroduodenalen Ulkuserkrankung zu so schweren Komplikationen und Notfällen kommen, dass weitere Behandlungen und/oder eine sofortige chirurgische Intervention nötig werden.

Blutungen: Magen-Zwölffingerdarm-Geschwüre können akut anfangen zu bluten. Das Blut wird entweder erbrochen oder mit dem Stuhlgang ausgeschieden – der Kot ist so schwarz, dass man von Teerstuhl spricht. Eine akute Blutung ist immer ein Notfall und muss sofort im Krankenhaus behandelt werden. In vielen Fällen kann die Blutung endoskopisch (minimalinvasiv) gestillt werden.
Ein Sonderfall ist ein geringer, aber konstanter Blutverlust über einen längeren Zeitraum. Die Sickerblutung verursacht in den meisten Fällen eine Blutarmut (Anämie), die dann zufällig bei einer Blutuntersuchung entdeckt wird.

Magendurchbruch (Perforation): In rund fünf Prozent der Fälle hat sich das Geschwür so tief in die Magenwand hineingefressen, dass ein Loch entsteht. Weil der Mageninhalt über diese Öffnung in den Bauchraum gelangen kann, droht eine Bauchfellentzündung. Die Symptome sind stärkste Schmerzen und eine hochempfindliche, angespannte Bauchdecke. Auch hierbei handelt es sich um einen Notfall, der eine sofortige Aufnahme ins Krankenhaus, umgehende Operation und antibiotische Behandlung nötig macht. Bei dieser schweren Komplikation darf keine Zeit verloren gehen!

Vernarbung und Verengung des Magenausgangs: Geschwüre im Bereich des Magenausgangs können nach ihrer Abheilung durch vernarbtes Gewebe eine Engstelle (Stenose) hinterlassen. Der Nahrungsbrei wird dann nicht mehr ungehindert in den Dünndarm weitergeleitet. Häufiges Erbrechen und Gewichtsverlust sind Anzeichen dieser Komplikation. Hier ist eine chirurgische Beseitigung der Verengung nötig.  

Magenkarzinom: In drei Prozent der Fälle kann ein chronisches Ulkus entarten und zu Magenkrebs führen.